Noua variantă a coronavirusului – cercetătorul în genomică răspunde la întrebări cheie

Se consideră că o nouă variantă a SARS-CoV-2, virusul care cauzează COVID-19, conduce la transmiterea crescută a bolii în anumite părți ale Marii Britanii. Guvernul a plasat unele regiuni, inclusiv Londra, sub noi restricții mai stricte asupra coronavirusului, cunoscute sub numele de nivelul 4. Oamenii din zonele de nivel 4 nu se vor putea aduna cu nimeni din afara gospodăriei lor de Crăciun, în timp ce cei din restul țării se pot intalni chiar si în ziua de Crăciun.

Boris Johnson, primul ministru și consilierii săi șefi au spus că noua variantă ar putea crește transmisia COVID-19 cu până la 70% și crește numărul R sau numărul de reproducere cu 0,4. Care este semnificația acestei noi descoperiri? Conversația i-a pus lui Lucy van Dorp, cercetător în genomică microbiană și expert în evoluția agenților patogeni, câteva întrebări cheie despre ceea ce știm în acest moment.

Ce știm despre această nouă variantă?

Noua variantă britanică, cunoscută sub numele de VUI – 202012/01 sau linia B.1.1.7, a fost anunțată pentru prima dată de Matt Hancock, secretarul pentru sănătate pe 14 decembrie. A fost ulterior confirmată de Public Health England și consorțiul de secvențiere COVID-19 din Marea Britanie. . Screening înapoi prin bazele de date ale SARS-CoV-2, primul eșantion a fost preluat în județul Kent pe 20 septembrie.


Citește și: Cum a explicat Raed Arafat restrcțiile de sărbători


Varianta are 14 mutații definitorii, inclusiv șapte în proteina spike, proteina care mediază intrarea virusului în celulele umane. Acesta este un număr relativ mare de modificări în comparație cu numeroasele variante pe care le avem în circulație la nivel global.

Până în prezent, profilurile genetice – sau genomurile – ale acestei variante au fost în mare parte secvențiate și partajate din Marea Britanie, dar includ unele în Danemarca și două cazuri în Australia. De asemenea, au existat rapoarte despre un caz în Olanda. Toate aceste țări au eforturi foarte mari de secvențiere a genomului și este foarte posibil ca aceste observații să nu reflecte distribuția reală a acestei variante a virusului, care ar putea exista nedetectată în altă parte. Vom ști mai multe pe măsură ce sunt generate și partajate mai multe genomi.

Datorită eforturilor de partajare a datelor, supravegherii genomice și rezultatelor testelor COVID-19 în Marea Britanie, se pare că această variantă începe acum să domine asupra versiunilor existente ale virusului și că poate fi responsabilă pentru o proporție tot mai mare de cazuri în anumite zone din țară, în special în regiunile în care avem, de asemenea, o creștere rapidă a numărului de cazuri.

În aceste cazuri este întotdeauna foarte dificil să dezlegăm cauza și efectul. De exemplu, creșterea aspectului anumitor mutații se poate datora unor descendenți virali care le poartă crescând în frecvență doar pentru că se întâmplă să fie cele prezente într-o zonă în care transmisia este mare, de exemplu datorită activităților umane sau alegerii intervențiilor.

Deși aceasta este încă o posibilitate, există în mod clar suficiente observații cu privire la această variantă până acum pentru a justifica caracterizarea, supravegherea și intervențiile foarte atente pentru a reduce transmisia.

Este mai periculos?

Chris Whitty, medicul șef, a declarat în mod clar că nu există dovezi până în prezent că această variantă modifică severitatea bolii, fie în ceea ce privește mortalitatea, fie gravitatea cazurilor de COVID-19 pentru cei infectați. Lucrările sunt în curs de confirmare.

Cum se produc mutațiile virale?

Mutațiile sunt o parte naturală a evoluției virusului. În cazul SARS-CoV-2, aceste mutații pot apărea din cauza erorilor aleatorii în timpul replicării virusului, pot fi induse de proteine ​​antivirale la persoanele infectate sau prin amestecarea genetică – cunoscută sub numele de recombinare. Deși semnele de recombinare nu sunt detectate în prezent în SARS-CoV-2.


Citește și: Reinfecția cu coronavirus – ce înseamnă de fapt și de ce nu ar trebui să intrați în panică7


Se așteaptă ca majoritatea mutațiilor virale să nu aibă niciun impact. De exemplu, atunci când echipa noastră a evaluat înlocuirea mutației individuale în peste 50.000 de genomi din primul val al pandemiei, nu am detectat niciunul care să modifice în mod semnificativ capacitatea virală – capacitatea virusului de a supraviețui și de a se reproduce.

Cu toate acestea, din când în când o mutație sau, în acest caz, o combinație specială de mutații, poate avea noroc și poate oferi virusului un nou avantaj. Virușii care poartă aceste combinații de mutații pot crește apoi în frecvență prin selecție naturală, având în vedere mediul epidemiologic potrivit.

De unde a aparut aceasta varianta?

În acest moment, nu știm. Până în prezent, oamenii de știință nu au identificat niciun virus strâns legat pentru a susține teoria conform căreia varianta a fost introdusă din străinătate. Modelele de mutații observate susțin mai mult o perioadă extinsă de evoluție adaptivă cel mai probabil în Marea Britanie pe baza datelor actuale.

Modele similare de mutație cu acestea au fost observate în evoluția SARS-CoV-2 la pacienții infectați cronic cu sisteme imune mai slabe. Ipoteza actuală este că un astfel de scenariu de infecție cronică, la un singur pacient, ar fi putut juca un rol în originea acestei variante. Acest lucru va continua să fie investigat.

Câte variante de SARS-CoV-2 am găsit?

Există multe mii de linii de SARS-CoV-2 care diferă în medie doar cu un număr mic de mutații definitorii. Rămâne adevărat că SARS-CoV-2 aflat în prezent în circulație globală are o diversitate genomică redusă. Subtilitățile din mutațiile purtate în diferite linii pot fi, totuși, foarte utile pentru reconstituirea tiparelor de transmisie.

De ce este diferita aceasta versiune a virusului?

Este important de reținut că multe dintre mutațiile care definesc varianta britanică au fost observate în SARS-CoV-2 înainte și chiar uneori destul de devreme în pandemie.

Cu toate acestea, varianta britanică, sau descendență, este definită de un număr neobișnuit și o combinație de mutații. S-a demonstrat anterior că una dintre aceste mutații, N501Y, crește legarea virusului de receptorii din celulele noastre. N501Y a fost secvențiat pentru prima dată într-un virus în Brazilia în aprilie 2020 și este în prezent asociat cu o variantă SARS-CoV-2 care crește și în frecvență în Africa de Sud – o descendență independentă de la B.1.1.7 care, de asemenea, justifică îngrijorarea.

Ștergerile particulare identificate în proteina spike din B.1.1.7 au apărut în mai multe alte linii ale virusului la o frecvență crescândă și sunt observate și în infecțiile cronice unde pot modifica antigenicitatea – recunoașterea de către anticorpii imuni. Aceste ștergeri pot fi, de asemenea, asociate cu alte mutații din regiunea de legare a proteinei vârfului coronavirusului, inclusiv cele observate în infecțiile la nurca de crescătorie și o mutație arătată că joacă un rol în capacitatea virusului de a se sustrage sistemului imunitar la oameni. B.1.1.7 adăpostește, de asemenea, o genă ORF8 trunchiată, cu deleții din această regiune asociate anterior cu scăderea severității bolii.

Efectul funcțional al acestor mutații și deleții, în special atunci când este în combinația raportată în B.1.1.7, trebuie încă determinat. Numărul ridicat de mutații și creșterea recentă a prevalenței acestei variante particulare, împreună cu relevanța biologică a unora dintre candidații la mutație, subliniază necesitatea unui studiu aprofundat.

Sursa: The Conversation

DISTRIBUIE MAI DEPARTE!